Od 1988 do 2005 Jackson mieszkał w swojej posiadłości w Kalifornii, zwanej Neverland Ranch, gdzie zbudował park rozrywki i prywatne zoo, często odwiedzane przez dzieci. W 1993 artysta został oskarżony o molestowanie nieletnich. Wątek związku Michaela Jacksona z dziećmi pojawił się ponownie w 2003, po emisji dokumentu Living with Michael Jackson, jednak w 2005 został uniewinniony z wszystkich zarzutów. Jackson miał troje dzieci: Michaela Josepha Jacksona Juniora (znanego jako „Prince”), Paris Michael Katherine Jackson oraz Prince'a Michaela Jacksona (znanego jako „Blanket”).
Zmarł 25 czerwca 2009, w wieku 50 lat, wskutek „nagłego zatrzymania akcji serca”.